接種１～２週後に抗体が上昇しはじめ，２回目の接種１カ月後までにはピークに達し，３～４カ月後には徐々に低下傾向を示します。季節性インフルエンザワクチンでは，これまでの研究からワクチンの予防効果が期待できるのは，接種した２週後（13歳未満のお子様の場合は２回接種した後）から５カ月程度と言われています。新型インフルエンザワクチンでも同じ程度と考えられます。流行時期が12月頃より３月頃までであり，したがって，12月中旬までには接種すると効果的です。

13歳以上では１回接種と２回接種で効果は違わないので１回摂取を行います。6ヵ月～13歳未満は２回接種です。基礎疾患（慢性疾患）をおもちの方は，医師の判断により２回になることもありますので，くわしくは医師とご相談ください。

２回接種は一般的に13歳以上１～４週の間隔，6ヵ月～13歳未満は２～４週間間隔ですが，免疫効果を考慮した場合，３～４週間が望ましいとされています。１回接種量は3歳以上は0.5mL，6ヵ月～3歳未満は0.25mL（ただし，北里第一三共ワクチンは1～3歳未満が0.25 mL）です。